Fiche de paie et arrêt maladie : comment procéder ?

Par Marie Lusset, le 09/12/2022

Lors de l’établissement de la fiche de paie, un certain nombre de questions se posent notamment sur les mentions devant y figurer. En cas d’arrêt maladie du salarié, que faut-il inscrire sur la fiche de paie ? Explications ! 

fiche de paie arrêt maladie

L’établissement d’une fiche de paie en cas d’arrêt maladie du salarié peut poser question à l’employeur. Explications

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie ?

Lorsque l’état de santé d’un salarié ne lui permet pas d’aller travailler, il est tenu d’effectuer un arrêt de travail auprès de son médecin, attestant de son incapacité à aller travailler. Une fois l’état du salarié attesté par le médecin, ce dernier adresse l’arrêt maladie à son employeur, mais également à la Sécurité sociale dans un délai de deux jours.

En fonction de l’état de santé du salarié, et dans l’hypothèse ou celui ci se prolonge nécessitant une prolongation d’arrêt maladie, l’avis de prolongation du salarié doit également être envoyé à la Sécurité sociale et à son employeur pour information.

L’arrêt maladie d’un salarié fait l’objet d’un traitement particulier tant en terme de gestion de la paie que des ressources humaines.

Faut-il faire une fiche de paie en cas d’arrêt maladie ?

Dans la mesure où le contrat de travail du salarié est suspendu, il est courant que l’employeur se questionne sur son obligation à faire une fiche de paie. Toutefois, le fait que le salarié soit en arrêt maladie ne dispense pas l’employeur d’effectuer une fiche de paie, il est obligatoire d’établir des fiches de paies, et ce quelle que soit la durée de l’arrêt maladie.

Le salarié est-il payé en arrêt maladie ?

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, il n’est plus payé par son employeur, dans la mesure où son contrat de travail est suspendu. Le salarié perçoit toutefois des indemnités versées par l’Assurance Maladie, et peut continuer sous certaines conditions à bénéficier d’une partie de son salaire.

Le principe est que pendant la durée de son arrêt maladie, le salarié n’est pas payé. Toutefois, le salarié a droit à des revenus de remplacement provenant de :

  • la sécurité sociale, la CPAM qui verse des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS)
  • l’employeur peut verser des indemnités journalières ou un maintien de salaire en pourcentage du salaire complet

Quelles mentions sur la fiche de paie en cas d’arrêt maladie ?

En cours d’arrêt maladie, le contenu d’un bulletin de salaire doit montrer :

  • Le motif de l’absence : à savoir un arrêt maladie, précisé dans la ligne de la déduction du salaire
  • Le nombre de jours d’absence sur la période (la retenue pour maladie est située dans la partie « rémunération brute »)
  • La déduction du salaire qui a été opérée au titre des jours d’absence
  • En cas de subrogation : Le montant des indemnités légales versées par la caisse d’assurance (CPAM) : par jour et au total
  • Le cas échéant : le montant des éventuelles indemnités complémentaires / compléments de revenu / maintenues partielles de salaire par l’employeur : par jour et au total

La fiche de paie pour un salarié en arrêt maladie doit faire apparaitre la déduction de salaire pour les jours où le salarié était en arrêt maladie, et donc absent, ainsi que les indemnités perçues, légales comme complémentaires.

La mention des IJSS sur la fiche de paie en cas d’arrêt maladie

Le salarié qui présente un arrêt maladie, peut recevoir sous certaines conditions d’attributions des IJSS, soit des indemnités journalières de la Sécurité Sociale.

Les IJSS peuvent être versées au salarié selon deux modes distincts :

  • la CPAM peut verser directement les IJSS au salarié
  • l’employeur peut percevoir les IJSS de la CPAM, et les reverser au salarié. On parle alors de subrogation de l’employeur sur les droits du salarié.

La façon de verser les IJSS, à savoir avec ou sans subrogation de l’employeur, influera sur les mentions du bulletin de salaire.

A savoir : les IJSS apparaissent sur le bulletin de salaire dans la ligne “Revenus de remplacement” 

L’IJSS sur la fiche de paie : avec subrogation

Sur la fiche de paie, lorsque l’employeur se subroge dans les droits de son salarié, la mention des IJSS apparait sur la fiche de paie.

Les IJSS figurent alors à deux endroits :

  • dans la rubrique rémunération brute : cette rubrique mentionne la retenue sur salaire du fait de la maladie, et une ligne de déduction du montant des IJSS brutes
  • dans la rubrique indemnités non soumises  : cette rubrique mentionne le montant des IJSS nettes.

L’IJSS sur la fiche de paie : sans subrogation

Dans l’hypothèse où le salarié voit ses indemnités directement versées par la CPAM, les IJSS n’apparaissent pas sur le bulletin de salaire, dans la mesure où l’employeur n’est pas à l’origine du versement. Il faudra simplement ajouter la retenue pour absence du salarié dû à sa maladie, et éventuellement le complément de salaire dans le cas où le salarié en bénéficie.

Dans l’hypothèse d’un arrêt maladie long, qui couvrirait un mois de travail complet, le salarié peut se voir remettre une fiche de paie à 0€ si il ne bénéficie pas d’indemnités de son employeur.

Le maintien de salaire en cas d’arrêt maladie

Le code du travail fixe les conditions du maintien de salaire d’un employé en cas d’arrêt maladie. Il est également possible que l’employeur soit soumis à des obligations de maintien de salaire par un accord d’entreprise ou bien une convention collective. Il faut savoir qu’en cas de double obligation de l’employeur, ce dernier sera tenu d’appliquer le mécanisme le plus favorable pour son salarié.

La mention du maintien de salaire sur la fiche de paie se matérialise par une ligne qui renseigne le pourcentage du salaire maintenu, et le montant de ce dernier, dans la rubrique “Rémunération brute”.

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Marie Lusset

Marie Lusset est diplômée d’un master en droit des affaires internationales et d'un master en management et développement des entreprises. Elle accompagne les porteurs de projet à créer leur entreprise et développer leur activité.


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